CGI中最常见的漏洞是由于未验证用户输入参数而引起的问题。CGI脚本一般从URL 、表单或路径信息（Path Information）中获取用户的请求信息。Web程序开发人员容易习惯性认为用户会按照要求的格式输入数据，并在这个假定的前提下开发程序，而当这个前提没有满足时，程序的控制逻辑就可能发生错误。对于攻击者来说，他们总能找到一些开发人员未料到的发送数据的方法。
CGI程序中经常会使用路径信息填充PATH_INFO或其他环境变量，路径信息通常指Web服务器上的那些如配置文件、临时文件或者被脚本因问题调用的文件等此类不用变更的参数。但 PATH_INFO 变量是可以通过其他方式修改的，因而在使用时必须小心地验证其内容，盲目地根据PATH_INFO指定的路径文件进行操作的CGI脚本可能会被恶意用户利用。
例如，某个CGI脚本的功能是打印PATH_INFO中引用的文件，脚本程序如下所示：
源码复制打印
#!/bin/sh
#Send the header
echo "Content-type:text/html"
echo ""
#Wrap the file in some HTML
#!/bin/sh
echo "<HTML><HEADER><TITLE>FILE</TITLE></HEADER></TITLE>"
echo "Here is the file you requested:<PRE>\n"
cat $PATH_INFO
echo "</PRE></BODY></HTML>"
一个恶意的用户可能会输入这样的 URL：
http://www.hack6.com /cgi-bin/foobar.sh/etc/passed
上述脚本立刻就会返回机器的口令文件。通过这一方法，用户就可以读取机器上的几乎所有文件。
在使用CGI进行Web应用开发时，有一些应该遵循的重要原则。
1.按照帮助文件正确安装CGI程序，删除不必要的安全文件和临时文件。
2.检查CGI代码，检查其来源是否可靠、是否存在漏洞或恶意代码。
3.使用C/C++ 编写CGI程序时，注意使用安全的函数。
4.使用安全有效的验证用户的方法。
5.验证用户的来源，防止用户短时间内过多动作。
6.建议过滤下列字符：& ； · 、“ | * ？ ~ <> ^ () [] {} $ \n \r \t \0 # ../ 。
7.注意处理好意外和错误情况。
