服务器虚拟化的实施非常简单直接：加固服务器，而且ROI也很明显。那么企业的桌面虚拟化呢？ROI就不是那么明显了。
除了从瘦客户端减少的桌面和桌面管理的简化中降低的成本以外，能节省的地方就很少了。这种技术可以加强安全性，遵守法规的要求欧并减少业务所需要的时间。但是CIO会发现企业桌面虚拟化会带来新的资本支出，再培训或者雇用新的员工来支持也增加了成本。企业范围的虚拟桌面架构可能意味着在高负荷的服务器、网络组件和存储上的支出，另外还要为证书付款，还需要为数据中心的冷却的电力的潜在成本付款。结果可能是公司必须对现有的IT员工进行再培训或者雇用新员工。
Gartner估计，和桌面电脑相比，主机桌面可能需要企业多花费1.4到1.7 倍的时间进行架构和技术的支持。Gartner负责终端用户计算的副总裁Mark Margevicius说：“购买桌面电脑的整体花费要构建支持整个企业的桌面虚拟化架构的成本要低。”
数据中心中支持上千甚至上万的主机桌面也会使IT产生巨大的变化。
CIO将需要创建多功能的IT部门，而不是即使是在大部分公司中常见的做法。服务器管理员或桌面经理等头衔将会比虚拟化专门家代替，这些虚拟化专家了解建立虚拟机的方式、根据需要提供虚拟桌面或处理存储需求。
专家说，种种这些都很难做到，但是大型企业正在创建良好的虚拟中心，在企业IT不能关注技术资源也要关注技巧。
由419位高级IT专家参与的调查发现14% 的人相信他们在虚拟化配置和管理上存在员工和技巧的缺乏问题；另外的47% 说他们拥有这个领域的技巧，但是他们需要改善或者提高这些技巧。这项调查是ESG（Enterprise Strategy Group）在2010年一月发起的。
Gartner的Margevicius说：“最成功的（桌面虚拟化）客户端是那些把很多准则合在一起的客户端。服务器工程师、网络管理员和存储管理员一起努力确定网络带宽和潜在因素，而且还需要进行更多的桌面和服务器方面的再培训。”
强大的人才被大部分的专家认为是成功的桌面虚拟化配置所必须的，但是说起来容易做却很难。系统整合提供商Champion Solutions Group Corp.的虚拟化副总裁说： “我们做了上百个项目，但是实际上让桌面的员工和服务器组员一起工作，就好像让Unix的员工和Windows的员工一起工作一样。”
尽管如此，在有的地方，桌面虚拟化也减少的成本，而不是增加。例如，有些企业没有建立和离岸开发伙伴很近的数据中心，而是选择了在他们自己的数据中心中安装桌面虚拟化，这样就减少了新数据中心的建立。这是ESG的分析师Mark Bowker的观点。
专家说，另外，如果企业桌面虚拟化配置在设计阶段就正确地完成，前段在必要技术配置和架构上的的投入就很值得了。除了桌面备份——很多公司都没有备份——和建立并加固现有的灾难恢复计划、业务连续性和安全策略，企业还需要简化桌面刷新和安全更新。
但是达到这种程度还有很长的路程。目前大部分的业务都没有从企业规模的角度迁移到桌面虚拟化中。专家估计，把上千的用户迁移到桌面虚拟化中需要花费企业五年之久。很多公司都暂时开始配置50个桌面，最多的是1000个。
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